Ukończył chemię na Uniwersytecie Adama Mickiewicza w Poznaniu w 2009 roku (maxima cum laude), a doktorat z chemii fizycznej uzyskał w Instytucie Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk w Warszawie w 2012 roku (z wyróżnieniem, promotor profesor Robert Hołyst). W 2016 roku dołączył do grupy profesora Bartosza A. Grzybowskiego w Ulsan, w Korei Południowej. Wrócił do Warszawy w 2018, a od 2020 roku jest liderem grupy „Żywe materiały” w Instytucie Chemii Fizycznej PAN. Jan Paczesny jest współautorem ponad 30 prac naukowych, 10 patentów (w tym międzynarodowych) i 2 wniosków patentowych.

Na swoje badania otrzymał dofinansowanie z Narodowego Centrum Nauki, Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego Rzeczypospolitej Polskiej oraz Fundacji na rzecz Nauki Polskiej. Otrzymał także szereg nagród i stypendiów, w tym stypendium Międzynarodowej Fundacji Matsumae, nagrodę magazynu Polityka, stypendium dla Wybitnych Młodych Naukowców, stypendium Start oraz nagrodę Świętosławskiego III stopnia.